Пятый арбитражный апелляционный суд был создан и приступил к работе одним из последних двадцати одного арбитражных апелляционных судов в Российской Федерации, действующих в настоящее время. Местом постоянного пребывания Пятого арбитражного апелляционного суда был выбран город Владивосток, столица Приморского края.
Первый приказ о подготовительных мероприятиях, необходимых для начала деятельности Пятого арбитражного апелляционного суда, вышел 3 ноября 2006 года (Приказ Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации №342КС). Этим же приказом исполняющей обязанности председателя суда была назначена Алферова Наталья Викторовна, судья апелляционной инстанции Арбитражного суда Приморского края- ныне судья в Почетной отставке.
Совместно с главным бухгалтером – Паутовой Тамарой Анатольевной, они осуществили регистрацию суда во всех государственных органах. Наталья Викторовна, в соответствии с Приказом, начала подбор кадров.В первоначальный состав судей вошли: Фадеева Надежда Ивановна,Бац Зоя Давыдовна, Симонова Галина Алексеевна, Ротко Людмила Юрьевна, Яковенко Ирина Леонидовна, Шевченко Светлана Валентиновна, Скрипка Надежда Александровна и Еремеева Ольга Юрьевна - ныне судьи в Почетной отставке.
Указом Президента Российской Федерации от 30 июня 2007 № 847 председателем Пятого арбитражного апелляционного суда был назначен Александр Семёнович Шевченко, который приступил к исполнению обязанностей с августа 2007 (в соответствии с Приказом Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 1 августа 2007 №350КС). 28 июня 2010 года Указом Президента Российской Федерации № 796 он был переназначен на второй срок- ныне судья в Почетной отставке.
Указом Президента Российской Федерации от 5 августа 2008 № 1181 первым заместителем председателя суда была назначена Фадеева Надежда Ивановна - ныне судья в Почетной отставке.
Первое время суд размещался в здании по ул. Светланская, 52, в пяти кабинетах, предоставленных в пользование Арбитражным судом Приморского края.
Следующим местом размещения суда стали помещения, выделенные в пользование Администрацией Приморского края по ул. 1-я Морская, 2, в которых за три месяца – с февраля по апрель 2008 года был произведен капитальный ремонт – заменены окна, полы, закуплена мебель и необходимое оборудование.
Согласно Постановлению Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 20 марта 2008 года №16 началом деятельности суда считается 15 мая 2008 года. В этот день, в присутствии первого заместителя Председателя Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации – Елены Юрьевны Валявиной, представителей городской и краевой администраций суд официально приступил к работе.
И теперь, каждый год 15 мая традиционно проходит празднование дня рождения Пятого арбитражного апелляционного суда. 14 мая 2010 года состоялось торжественное открытие нового здания Пятого арбитражного апелляционного суда по улице Светланской, 115. Это здание 1973 года постройки, единственное в городе, которое проектировалось и строилось с сейсмостойкостью до 9 баллов.
Новое 9-ти этажное здание Пятого арбитражного апелляционного суда, качественно отремонтированное в течение 2008-2010 годов, соответствует современным требованиям. Его техническое оснащение не имеет аналогов на территории Приморского края и всего Дальневосточного округа.

Корпус судей Пятого арбитражного апелляционного суда в настоящее время состоит из 25 судей, из них «первый квалификационный класс» имеют 7 судей; «второй квалификационный класс» - 12 судей; «третий квалификационный класс» - 2 судей; «четвертый квалификационный класс» - 3 судей, «пятый квалификационный класс» - 1 судья.
В соответствии с постановлением президиума Пятого арбитражного апелляционного суда от 26 июня 2008 года № 1 в суде были сформированы две судебные коллегии, из числа входящих в них судей были образованы два судебных состава. В настоящее время в суде насчитывается уже 5 судебных составов.
С 2008 по 2021 год Пятым арбитражным апелляционным судом рассмотрено более 112 тысяч дел. Основная нагрузка деятельности суда по рассмотрению апелляционных жалоб пришлась на 2013 и 2014 годы, когда была зафиксирована рекордная нагрузка на судью в качестве председательствующего - 70 дел в месяц и более 125 дел в месяц в составе судебной коллегии. Только с 2015 года начинает прослеживаться динамика снижения количества жалоб, поступивших на рассмотрение апелляционного суда. Сегодня нагрузка на судей в среднем составляет 35 дел в месяц, исходя из фактического количества судей. Изменения соотношения количества поступивших и рассмотренных жалоб по судам апелляционного округа по сравнению с предыдущими годами фактически не произошло. В настоящее время качество судебных актов Пятого арбитражного апелляционного суда по данным судов кассационной инстанции продолжает традиционно оставаться на высоком уровне.
В Пятом арбитражном апелляционном суде действует президиум, который рассматривает вопросы судебной практики и другие вопросы организации работы суда. В него входят председатель суда, заместители председателя суда, председатели судебных составов и судьи (судьи, утвержденные Пленумом Верховного Суда Российской Федерации по представлению председателя арбитражного апелляционного суда).
Регулярно с арбитражными судами, входящими в Дальневосточный судебный округ, в режиме видеоконференц-связи проводятся совещания по обсуждению проблемных вопросов применения норм материального и процессуального права, что способствует формированию единообразного подхода в практике рассматриваемых судами споров.
За прошедшие годы работы удалось сформировать дружный, сплоченный коллектив, который обеспечивает слаженную работу суда. В аппарат суда входит 63 человека: управляющий делами, 22 помощника судьи, 13 секретарей судебного заседания, а также сотрудники секретариата председателя суда, отделов: обеспечения судопроизводства и делопроизводства; судебной статистики и обобщения судебной практики; кадров и государственной службы; финансового и материально-технического обеспечения; информатизации и связи.
С 2007 по 2013 годы в городе Владивостоке проводился Международный юридический форум стран Азиатско-Тихоокеанского региона под эгидой Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, который оказал существенное влияние на укрепление правового механизма регионально экономического сотрудничества.
В 2015 году руководство Верховного Суда Российской Федерации приняло решение о возобновлении в городе Владивостоке Международного юридического форума стран Азиатско-Тихоокеанского региона, участниками которого являются представители высших органов судебной власти России и других государств, а также представители министерств и ведомств, органов государственной власти, и ведущие представители российской академии наук. В 2021 году в связи с мерами по предотвращению распространения коронавирусной инфекции (COVID-19) Международный юридический форум стран АТР прошел в режиме видеоконференц-связи.